龟鳖目是古老而特化的爬行动物，属于原始的无孔亚纲，其最早的类型可能要追溯到二叠纪，但是现在发现的那时的所谓龟的化石不一定是龟类而可能是某种特化的杯龙。已确定的最早的龟鳖类是生活于三叠纪的原颚龟亚目的成员，原颚龟除了头部尚不能缩回壳中等原始特征外，与现代的龟类没有太大的区别，显示龟鳖类是一些进化速度很慢的动物。龟鳖目中有两个亚目从中生代一直延续到现代，即颈部侧向折回壳内的侧颈龟亚目Pleurodira和颈部可以成S型缩回壳内的曲颈龟亚目Cryptodira。
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